《口袋妖怪 不可思议迷宫》系列是将《口袋妖怪》系列 和《不可思议迷宫》系列的特点结合起来的游戏系列，玩家自身也会变成口袋妖怪到不可思议的世界中去探险,而具体变成什么妖怪,会根据玩家在游戏开始时对于问题的回答而定。
　　随后玩家要收入其他“弟子”组成行会，接受其他人带来的寻宝及其他请求，随后进入迷宫探险。
　　除此之外，本作相对于前作增加了很多《口袋妖怪 钻石·珍珠》中的怪物及其他新要素。